深圳市南山区妇幼保健院始建于1986年10月，位于打响中国改革开放“第一炮”的蛇口，承担辖区的妇幼健康公共卫生管理职责，是深圳市首家区级三级妇幼保健院。医院以妇幼卫生工作方针为宗旨，历经30多年的发展，已经成为了一所集保健、医疗、科研、教学、培训及技术指导于一体的专业妇幼保健机构。医院建筑面积约3万平方米，编制床位数300张，设有28个业务科室，8个病区。门诊量超过76万人次/年，出院病人超过1万人次/年，平均分娩量约7000人/年。根据南山区政府“十三五”规划，我院将按照妇幼保健学科体系规范化建设标准建设成为与南山区社会经济发展水平相适应，与深圳市中心城区地位相匹配的现代化“三级甲等妇幼保健专科医院”。

医院承担着南山区200多万人口的妇幼保健任务，是全区8家医院、79家社康中心和212所托幼机构的妇幼保健技术指导中心和业务培训中心；负责全区免费婚前、孕前医学检查、科学育儿指导、地贫筛查、新生儿疾病筛查、妇女病普查普治、遗传优生咨询，防控艾滋病、梅毒、乙肝母婴传播等优生惠民工程项目和承担市、区级妇幼保健公共卫生项目和承担国家、省级重大妇幼保健公共卫生项目。是全国首家“儿童健康管理示范基地”、实施中国妇女、儿童发展纲要国家级示范区、广东省妇幼健康优质服务示范区、广东医科大学附属医院、中山大学公共卫生学院科研教学基地、中山大学公共卫生学院硕士培养点、中山大学深圳出生队列研究中心、广东医科大学硕士培养点、广东省儿童心理卫生保健示范单位、深圳市乳腺癌筛查与早诊早治项目合作单位、深圳市子宫颈癌防治项目试点单位、南山区儿童智力残疾康复技术指导中心、南山区新生儿危重症会诊救治中心。

医院目前有妇科、产科、儿科、新生儿科、妇女保健科、综合儿童保健科、儿童生长发育科、儿童康复科、中西医结合妇科、中医儿科、麻醉科、手术室、超声影像科、放射科、检验科等28个业务科室，开设妇科、生理产科、病理产科、儿科、新生儿科、儿童康复科、中西医结合妇科、特需病房等八个病区。